Працівники головних управлінь МВС і СБ України в Криму і управлінь МВС України і СБ України у м. Севастополі одразу після втечі В. Януковича почали саботувати накази з Києва. З 20 тисяч військовослужбовців підрозділів ЗС України, СБ України, УДО, внутрішніх військ МВС України, розвідувальних органів, дислокованих у Криму, лише 6 тисяч виїхали з окупованого півострова на іншу територію України. Водночас, незважаючи на чисельну перевагу російського агресора, шалений психологічний тиск і блокування військових частин, окремі підрозділи Збройних Сил України стійко тримали оборону і залишили півострів після отримання 24 березня 2014 року відповідного наказу.
За цих умов, швидко збільшуючи військове угруповання, яке за своїм бойовим потенціалом значно перевищувало дислоковані в Криму українські війська, Росія вже у першій декаді березня фактично завершила окупацію півострова.
У документальному фільмі А. Кондрашова «Крым. Путь на родину» (березень 2015 року) В. Путін заявив про свою готовність застосувати ядерну зброю під час операції з окупації Криму в разі втручання країн Заходу. Він також повідомив, що особисто керував військовою операцією, у ході якої російські морські піхотинці та частини спеціального призначення ГРУ ГШ ЗС РФ заблокували українські військові частини. Крім того, В. Путін визнав, що підрозділи ГРУ ГШ ЗС РФ провели спеціальну операцію зі знищення каналів спеціального зв'язку українських військових частин з Києвом. Також у фільмі повідомляється про факт наведення радара терміново перекинутого у Крим берегового ракетного комплексу «Бастіон» на есмінець США «Дональд Кук», який перебував у Чорному морі.
Указом Президента України від 7 березня 2014 року № 261 було зупинено дію Постанови Верховної Ради Автономної Республіки Крим від 6 березня 2014 року № 1702-6/14 «Про проведення загальнокримського референдуму». Конституційний Суд України визнав оголошення референдуму таким, що не відповідає Конституції України. Проте всупереч нормам українського і міжнародного права 16 березня 2014 року «референдум» про незалежність Автономної Республіки Крим було проведено. При цьому не було дотримано жодних загальновизнаних стандартів народного волевиявлення. Так званими «міжнародними спостерігачами», яких російська окупаційна влада допустила на півострів для роботи на «референдумі», були представники ультраправих, неонацистських та комуністичних європейських партій, інші особи з нацистськими та неосталіністськими поглядами.
В умовах бойкоту референдуму корінним народом Криму — кримськими татарами, присутності великої кількості озброєних російських військовослужбовців референдум в Автономній Республіці Крим начебто зібрав понад 1,2 млн заповнених бюлетенів (що відповідає 83,10 % загальної кількості виборців), з яких нібито 96,77 % засвідчили вибір «за возз'єднання Криму з Росією на правах суб'єкта Російської Федерації». Як відомо, непоодинокі випадки такої «масової підтримки» характерні для виборчої системи РФ протягом останніх 20 років.
18 березня 2014 року в Москві Президент Росії В. Путін, самопроголошений «голова Ради міністрів Автономної Республіки Крим» С. Аксьонов, «спікер Верховної Ради Автономної Республіки Крим» В. Константінов та самопроголошений мер Севастополя О. Чалий підписали Договір про прийняття Республіки Крим до складу Росії. На цьому урочистому засіданні В. Путін виступив з промовою, в якій вкотре підкреслив, що українці і росіяни — це один народ, а також зазначив: «на Украине живут и будут жить миллионы русских людей, русскоязычных граждан, и Россия всегда будет защищать их интересы…».
Ця заява була оголошена вже у ході другого етапу стратегічної чекістсько-військової операції — захоплення південних і східних областей України. Ще 23 лютого 2014 року в Москві відбувся мітинг, на якому заступник голови Державної Думи Федеральних Зборів РФ В. Жириновський закликав до розділу України на три частини, направлення російських «добровольців», які мали проголосити державу Малоросія зі столицею у Харкові. У російській пресі розгорнулася масова істерія з гаслами про «фашистський переворот у Києві», «незаконну київську хунту» та «нагальну необхідність врятувати російськомовне населення України від оскаженілих фашистів-бандерівців». Ця пропагандистська кампанія різного рівня інтенсивності не припиняється й досі.
28 лютого 2014 року Збройні сили Росії розпочали «раптову перевірку боєготовності» військ Південного військового округу, в тому числі ЧФ РФ, із залученням підрозділів зі складу Західного військового округу, у якій було задіяно до 150 тис. осіб особового складу, до 90 літаків, 120 вертольотів та 880 танків. Починаючи з 1 березня 2014 року відбулося розгортання російських ударних підрозділів у Ростовській,
Воронезькій, Курській, Білгородській, Брянській областях РФ. На Поліському, Слобожанському, Донецькому і Кримському оперативних напрямках у безпосередній близькості від кордонів України було утворене ударне угруповання, яке перебувало в повній бойовій готовності до вторгнення в Україну принаймні до кінця травня 2014 року. ЗС РФ були у повній бойовій готовності для вторгнення на територію України зі сходу і півдня.
Для політичного виправдання російського вторгнення було використано звернення В. Януковича, який втік до Росії, до президента РФ В. Путіна 1 березня 2014 року. 4 березня 2014 року представник РФ в Раді Безпеки ООН В. Чуркін заявив під час її засідання: «Сегодня я уполномочен сообщить также следующее. Президентом России получено следующее обращение президента Украины Виктора Януковича. Я цитирую. Заявление президента Украины. Как законно избранный президент Украины заявляю: события на Майдане, незаконный захват власти в Киеве привели к тому что Украина оказалась на пороге гражданской войны. В стране царят хаос и анархия. Жизнь и безопасность людей, особенно на юго-востоке и в Крыму, под угрозой. Под воздействием западных стран осуществляются открытый террор и насилие. Люди преследуются по политическому и языковому признакам. В этой связи обращаюсь к президенту России Владимиру Владимировичу Путину с просьбой использовать вооруженные силы Российской Федерации для восстановления законности, мира, правопорядка, стабильности, защиты населения Украины. Виктор Янукович, 1 марта 2014 года».